現在では性同一性障害の原因にかんして、さまざまな研究が行われていますが、少しずつ解明されてきています。
もっとも有力な説では、受胎後、胎生期に男女の性器の分化が起こります。その際、男女それぞれの性別にふさわしい性ホルモンが分泌され、その性ホルモンによって脳にも性差が生じます。この脳の性別化が、ジェンダーと関係していると考えられています。
脳の発達の経過中に、母親がホルモン投与を受けたり、ストレスにさらされたり、ホルモン異常が引き起こされると、脳の性差に異常が生じて、性同一性障害が生じると考えられています。
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