石炭紀に両生類から進化したと考えられています。
初めて陸での生活をした脊椎動物は両生類ですが、繁殖するには水が必要で、水から離れることができませんでした。爬虫類は水中へ産まないでもいい卵を産むことができ、爆発的に進化しました。
中生代は爬虫類が全盛を誇った時代で、たくさんの恐竜がいました。しかし、白亜紀末に爬虫類の大部分は絶滅し、爬虫類から進化した哺乳類や鳥類に取って代わられました。
爬虫類は6亜網16目に分類されますが、現存するのは3網4目のみです。進化の過程では主流からそれたものだけが現存しています。
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